Если методика вас обязывает приводить в протоколе погрешность по методике - указываете погрешность, при этом внутри ИЛ вы должны любым способом посчитать неопределенность, чтобы продемонстрировать эксперту, и, возможно, по его требованию в протоколе привести ещё и неопределенность. Если методикой не предусмотрена оценка погрешности - оцениваете неопределенность, указываете или нет в протоколе - решаете сами в СМ с учётом требований ГОСТа 17025 (там условия перечислены). Ну а если в методике уже оценена неопределенность (и именно так и названа, а не словом "погрешность"), то хорошо, лишних действий не требуется. Вроде кто-то из разработчиков методик оформлял письмо, в котором постулировал, что погрешность или показатель точности в их МВИ - полностью эквивалентны неопределенности.