Нет, вы можете заказывать аудит и консультации на стороне, но ответственным за систему менеджмента должен быть внутри организации. Принцип один, надо заказать конкретную услугу (набор услуг) и принимать результаты выполнения этой услуги. Если при этом данный самозанятый весь год оказывает услуги только одной конторе, при этом оплата постоянная, а количество услуг не прописано, конечно придет запрос из налоговой. Потому что это уже трудовые отношения. В то же время аудит или консультации по аккредитации вполне можно заказать на стороне у компании, у ИП или у самозанятого.